Junio de 1940. Centenares de fraceses entre los que se encuentra la pequeña Paulette y sus padres, se dirigen en un desesperado éxodo hacia el sur de Francia. Los aviones nazis sobrevuelan a este gentío bombardeando sin piedad el camino. Los padres de Paulette y su perro mueren durante el ataque.Aluguien lanza el cadáver del animal al río y la niña incapaz de separarse de su perro decide seguirlo, lo que propicia su encuentro con Michel, un chico de once años hijos de unos granjeros que viven por la zona. Michell lleva a su asustada amiga a casa, donde es bien acogida por la familia Dollé.
Un hermano mayor de Michel, Georges, ha sufrido un accidente ese mismo día, recibiendo una brutal coz de un caballo desbocado. También ese día, la familia Dollé tiene una nueva y agria pelea con sus vecinos, los Gouards.
Al enterarse Paulette de que las víctimas del bombardeo van a ser enterradas en una fosa común, pregunta a su amigo si esto se hace para que no se mojen ni pasen frío, y vuelven a asaltarle la preocupación por su perro.
Al día siguiente los niños entierran al animal en un milino desierto, y a Michel se le ocurre la idea de construir allí un cementerio secreto repleto de cruces y flores. Paulette se entusiasma con la idea y los niños comienzan a construir cruces para sus juegos prohibidos.
Georges muere a causa de sus heridas y la familia prepara el funeral. Michel roba el crucifijo del ataúd y cuadno su padre nota la falta, el chico culpa a sus molestos vecinos. Michel intenta incluso robar el crucifijo del altar en la iglesia, pero la inoportuna presencia del sacerdote se lo impide.
El cementerio secreto va creciendo día a día, acogiendo los cuerpos de gatos, gallinas, ratones e insectos. A iniciativa de Paulette, la pareja aprovecha una nueva incursión aérea de los alemanes para hacerse con una carretilla y robar todas las cruces del cementerio aprovechando la confusión.
