Todo empezó cuando siete chicos que disfrutaban de su campamento de verano fueron misteriosamente transportados a un mundo digital y lleno de color. Perdidos y solos, fueron ayudados por unas pequeñas criaturas digitales conocidas como Digimon y con las que inmediatamente nació una relación muy especial.

Estos niños conocidos como los Niños Elegidos, y sus compañeros Digimon forman un equipo para descubrir el misterio que se esconde detrás de una fuerza maligna que amenaza al Digi-Mundo. Con la ayuda de sus nuevos amigos, los Digimon buenos poseen la habilidad de digi-convertirse en los luchadores más poderosos e incluso adoptar la avanzada forma Digimon.

Internet se ha convertido en un campo de batalla para los Digi-Destinados y sus camaradas Digimon. Un nuevo y poderoso Digimon aparece y comienza a asumir datos a velocidad exponencial. Este Digimon de Internet digi-evoluciona rápidamente a su mega-forma, Diabormon, y al hacerlo se apropia del control de las comunicaciones del mundo, al tiempo que pretende lanzar misiles a Japón desde los Estados Unidos. Sin casi disponer de tiempo, sólo los esfuerzos combinados de una organización mundial de niños, más un nuevo mega-héroe Digimon llamado Omnimon, pueden evitar un desastre mundial.